Direktionen (DIR) består af:

· Direktør Jens Peter Jacobsen – styrelseschef og overordnet ansvarlig
· Direktør Lars Ole Hansen
· Vicedirektør Rene Bugge Bertramsen

Vicedirektør René Bugge Bertramsen er ansvarlig for en række store tværgående opgaver, herunder følgende tre store tværgående projekter, der er en opfølgning på regeringens globaliseringsstrategi:

· Fusion af universiteter og sektorforskningsinstitutioner
· Ændring af universitetslov og lov om akkrediteringsorgan
· Nyt koncept for tilsyn (iværksættes først efterår 2006)

Direktionens medlemmer har direkte tilknyttet en række medarbejdere til varetagelsen af forkontor, ESDH samt det overordnet ansvar for transformation af de amtslige undervisningsinstitutioner til staten samt donerede ejendomme.